Почему гниют помидоры в теплице?

Судя по описанию (сухое темное пятно у основания плода, без пушистого налета) это вершинная гниль. Причина не грибок, а нехватка кальция в тканях плода из-за перепадов полива. Когда почва то пересыхает, то заливается, корни не успевают ровно подавать кальций к верхушкам завязей, и клетки на дне плода отмирают.

Лечение начинается с полива. Поливайте теплицу через день небольшими порциями, чтобы почва оставалась равномерно влажной, а не то сухой, то залитой. Замульчируйте грядки соломой или скошенной травой слоем 5-7 см, это сглаживает колебания влажности. Дополнительно раз в 7-10 дней опрыскивайте кусты по листу кальциевой селитрой (10 г на 10 л воды), трех обработок за сезон обычно хватает.

Уже почерневшие плоды снимите и унесите с участка: они не восстановятся, а только тянут силы с куста. Если через две-три недели после налаживания полива новые завязи гниют так же, проверьте кислотность почвы. На кислых грунтах кальций усваивается плохо даже при хорошем поливе, тогда осенью нужно известкование.

Отдельно посмотрите на саму систему полива в теплице. Если вода приходит рывками из бочки на солнце, разница напора и температуры сама по себе провоцирует вершинную гниль, даже если график вы соблюдаете.